La Comisión Chilena de Energía Nuclear es dirigida y administrada por un Consejo Directivo y un Director Ejecutivo, según el artículo N° 9 de la ley 16.319.

Los Consejeros son designados por el Presidente de la República, por un período de tres años, salvo que dejen de contar con su confianza, pudiendo en tal caso ser redesignados.

El Consejo Directivo está integrado de la siguiente forma:

Nombre Cargo Representación
Julio Maturana França Presidente CCHEN Presidente de la República
Julio Baeza Von Bohlen Vicepresidente CCHEN Comandante en Jefe del Ejército de Chile
Carlos Saavedra Rubilar Consejero CCHEN Consejo de Rectores Universidades Chilenas
Francisco Mackay Imboden Consejero CCHEN Comandante en Jefe de la Armada de Chile
Francisco Torres Villa Consejero CCHEN Comandante en Jefe de la Fuerza Aérea de Chile
Camila Silva Olivares Consejera CCHEN Ministerio de Salud
Tania Sauma Pérez Consejera CCHEN Ministerio de Energía