La Comisión Chilena de Energía Nuclear es dirigida y administrada por un Consejo Directivo y un Director Ejecutivo, según el artículo N° 9 de la ley 16.319.
Los Consejeros son designados por el Presidente de la República, por un período de tres años, salvo que dejen de contar con su confianza, pudiendo en tal caso ser redesignados.
El Consejo Directivo está integrado de la siguiente forma:
| Nombre | Cargo | Representación |
|---|---|---|
| Francisco Javier López Díaz | Presidente CCHEN | Presidente de la República |
| Julio Baeza Von Bohlen | Vicepresidente CCHEN | Comandante en Jefe del Ejército de Chile |
| Carlos Saavedra Rubilar | Consejero CCHEN | Consejo de Rectores Universidades Chilenas |
| Francisco Mackay Imboden | Consejero CCHEN | Comandante en Jefe de la Armada de Chile |
| Rafael Carrère Poblete | Consejero CCHEN | Comandante en Jefe de la Fuerza Aérea de Chile |
| Josselin Novoa Carrasco | Consejera CCHEN | Ministerio de Salud |
| Renato Agurto Colima | Consejero CCHEN | Ministerio de Energía |
Reglamento para el funcionamiento del Consejo Directivo de la CCHEN